研究中心为区内的比较日本学研究学者提供沟通平台，并透过与现行之学术单位及从事相关研究的同事合作，合办研究计划、讲座和会议等，促进协同效益。历来合作单位包括人类学系、文化研究系、历史系、语言学系、哲学系、政治与行政学系、中国研究中心和香港亚太研究所等。