研究中心為區內的比較日本學研究學者提供溝通平台，並透過與現行之學術單位及從事相關研究的同事合作，合辦研究計劃、講座和會議等，促進協同效益。歷來合作單位包括人類學系、文化研究系、歷史系、語言學系、哲學系、政治與行政學系、中國研究中心和香港亞太研究所等。